Selain menjalin kerja sama dengan institusi luar negeri, Fakultas Pertanian juga menjalin kerja sama dengan berbagai institusi dalam negeri baik institusi pemerintah maupun swasta. Kerja sama ini merupakan salah satu bentuk pelaksanaan misi dan tujuan Fakultas Pertanian dengan mewujudkan kerja sama dalam bidang pertanian dan entrepreneur. Fakultas Pertanian kini telah berkerjasama dengan berbagai mitra kurang lebih sebanyak 16 institusi luar dan dalam negeri. Dengan dilaksanakannya berbagai bentuk kerja sama ini, diharapkan lulusan Fakultas Pertanian nantinya mampu bersaing di era gobal dan dapat menghasilkan lulusan yang berkualitas.